虽然孤独症并非纯心理疾病，但并不能忽视孤独症儿童的心理障碍，在与孤独症儿童接触或对他们进行干预训练时，必须考虑到他们的心理特点。孤独症儿童由于其社会交往能力非常之弱，很难与周围的人进行正常的沟通，这就使其心理活动过程异常，出现特有的心理障碍。就像盲人、聋人、肢体残障者由于自身障碍产生心理压力一样，孤独症患儿在成长过程中，也会由于孤独症障碍产生心理上的偏差和异常。最常见的现象就是在与他人的交往当中愈来愈退缩，表现为：玩弄自己身体的某一部分，依恋某件物品或某项单一的活动；在必须与人对话时移开目光或跑开；莫名其妙地哭闹或嘻笑；伤害自己的身体或攻击他人等。