1939年初，学校办学经费难以维系。3月，学校被伪满洲赤十字社接收，更名为“满洲赤十字社新京聋哑学院”。由田代清雄（日本人）接任院长。学校招收日本儿童和满洲国士绅子弟。除原有的学前预科和普通学科外，还增设了木工、缝纫等技艺学科。学校对中国学生实施了粗暴的奴化教育，要求全校师生在课堂教学和生活等各种场合要讲日语、打日本手势、行日本礼节。

1945年日本无条件投降后，新任校长瑜岫云多方奔走呼吁，迫使当时的国民政府接管了学校。更改校名为“长春市盲哑学校”。学校从此增设了盲人教育，办学条件极其艰苦。