学校当年被市政府列入薄弱校建设规划。为使学校尽快走出困境，领导班子在全校教职工中提倡“博爱、戮力、自强、奉献”的特教精神；根据上级关于“四定四制”文件的指示精神，学校制定了首部岗位责任制管理细则；暑假期间，学校翻修了500平方米的学生宿舍楼。为深化课堂教学改革，学校提出了全面提高学生综合素质的奋斗目标，改革学生考核方式，将操行评定、学科成绩、能力测试成绩、特长成绩等综合为学期成绩；加大了对教师的微机操作、中国手语、三笔字、教案书写、板书设计等教学能力培训力度。

1999年4月，特师组成由校长、教务主任和教师等四人参加的调查组，赴省内部分特殊教育学校开展教师需求现状的调研。6月1日至18日，学校全面整修操场并实施大面积绿化，使校园面貌焕然一新。6月28日，学校首届艺术节开幕，举行了师生文艺演出、美术作品展、编辑论文集《特教百花园》、师生演讲、乒乓球比赛等一系列活动，吉林省省长王云坤以“博爱、戮力、自强、奉献”的特教精神为内容为艺术节题词，副省长全哲洙、长春市政协主席张绪明、市委副书记战月昌、省教委副主任张茵等领导、省内外兄弟师范院校、特殊教育学校的领导、老师、与学校建立了资助关系的社会各界人士及学校的往届毕业生共计200余人出席了艺术节活动，《长春日报》、《城市晚报》、《现代特殊教育》杂志等媒体对艺术节活动作了专题报道。

8月1日至18日，学校首次参加长春国际教育展览会。10月，在长春市中小学科技艺术展中，学校师生制作的线绣作品《长城》获特等奖,《二龙戏珠》获一等奖，其中线绣作品《长城》被主办单位收藏。当年学校建立了较为科学的内部考核管理体系，实行校内双向聘任制和末位待岗制，在校内提倡“团结、务实、紧张、高效”的工作作风。年内，特师首次打破专业界限，对课程计划作进一步调整，让学生通学通用各专业学科，将两个专业的心理学、教育学和语文、数学教学法合并，增设了与当代特殊教育发展形势紧密联系的课程。

2000年1月，学校正式对全体教师进行计算机操作技术培训，标志着学校正式进入信息化建设进程。3月，学校购置计算机、电视机、服务器等设备，正式开始学校信息技术硬件系统的建设，29日，全国第一所特殊教育网校“长春特殊教育网校”正式运行，《新文化报》和《城市晚报》先后予以报道；同时，计算机开始全面装备课堂、教研室和办公室。4月18日，学校与省教育厅基础教育处和师范教育处联合举办了为期3天的“吉林省特殊教育学校校长研讨会”；4月20日，学校与长春广播电视大学联合办学，成立了“长春广播电视大学特教部”。8月20日，学校成功举办“中国教育学会特殊教育分会聋人职业教育研讨会长春会议”，此为学校建校以来首次举办的全国性专业学术会议，学校为会议编辑了题为《聋职教世纪采风》的论文集，并印发了学校自行编辑的《特教百花园》论文集。9月，学校信息技术教育办公室成立，标志着学校信息化建设及信息技术教育进入了有组织的管理阶段。

2001年3月13日，长春市特殊教育学校工作会议在我校召开。4月13日，举行长春市聋哑学校与吉林省富临阿一鲍鱼饭店校企共建的签约仪式，阿一鲍鱼”的创始人杨贯一先生向学校捐款，并为我校题写了“校企共建”的条幅，长春市副市长安莉、教委副主任李敏等领导出席了共建仪式。4月21日，举行“长春电信杯”师生网页制作大奖赛。5月20日，中心校与市教育局基础教育处组织长春市特殊教育学校教师报告团，在长春宾馆向我市部分中小学师生做师德报告。5月21日 “吉林省教育学会特殊教育专业委员会理事会2001年工作会议”在我校召开，中央教育科学研究所特殊教育研究室主任陈云英做了重要报告。