中国科学技术信息研究所公布了“2002年度中国科技论文统计结果”：在没有与其它学校合并的前提下，南京大学SCI论文被引用数达1261篇、2817次，仅次于北京大学，位居全国高校第二。此外，发表SCIE论文（SCI扩展版）总数为1020篇，仅次于清华大学、北京大学、浙江大学，位居全国高校第四。这些数据充分显示了该校基础研究的雄厚实力和国内领先水平。
这些数据显示，南京大学在没有合并任何学校的情况下，以相对较少的科研人数和较小的办学规模取得了令人瞩目的成绩，其办学效益和办学质量相当突出，这表明南大走“内涵式”发展道路初见成效。与上一年相比，南大2002年的SCIE论文发表总数和被引用数的篇、次都有所增加，尤其是SCIE论文总数首次突破1000篇。
南大有关负责人在接受采访时表示，一定要客观地评价和看待SCI论文排名。根据统计学规律，发表科研论文的数量和质量存在正相关性，一所高校发表SCI论文数量和SCI论文被引用数两个数据综合在一起，是评价其基础研究水平的一项重要指标。
从明年开始，科技部对国家重点实验室的评估将更加强调代表性成果，而不是论文的数量。目前，南京大学正在积极引导教师向发表高质量论文的方向转变，如在评职称、博士生答辩、对论文的奖励等政策上都将按这一思路执行。同时，以产出原创性科研成果为重点，鼓励和提倡教师在更高层次、更高质量的杂志上发表文章，以推进学校学术地位和基础研究总体水平的提高。
